「管你在外面的母親多厲害。在這裡！只有學分高才可以為所欲為！」
北太平洋中心的新興島國——「超級學園民主共和國（簡稱：SADR）」——實現「自主自立、實力至上」的理念，全國上下全面由學生管治打理。學生會成為政務機關，學分作為國家貨幣，學生為求賺取「學分」，不單拼命考取高學科成績，更令課外的社團活動多姿多彩。除此之外，每天更上演著各色各樣學分爭取與掠奪的「戰爭」，統稱「學園戰爭」。641Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡXCouMfIthb
每年整個五月，更會上演全國最大型、最備受矚目的「學園戰爭」——《九神祭》慶祝六月六日的SADR國慶。
——但是！
三年前被揭發違反《學戰憲章》，背地裡進行參賽者之間死鬥的最後一場《鳳凰祭》，第三十三校區前任學生會會長輸掉比賽，失去校區最高管治權，三十三校區的學生更不得參與任何《學園戰爭》活動，包括《九神祭》。641Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡHJiX1GpFXQ
學戰委員會亦同時決定暫停所有《學園戰爭》的活動，全面進行檢討改進……641Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡunETCOJ014
剛踏進前三十三校區阿特蘭國立學院校門的高一男生，霍文祺被同校學生會會長的青梅竹馬石原麗奈強行帶到重新營運的《學園戰爭》舞台，爭取光復第三十三校區，決定要重新獲得參戰資格。
學園戰爭，現在開戰！
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