在《破》的結尾,覺醒了的初號機連同真嗣和綾波被凍結,改造成自律型後的Mark.06被投放至中央教條,第三次衝擊繼而發生。十四年後,Wille發動US作戰奪回太空上的初號機,《Q》的故事開始⋯⋯本來應該是這樣。
若然這一切,還能挽回?
要是Seele的計畫被大幅擾亂;
要是Wille的骨幹成員及時發現Nerv的陰謀;
要是真嗣成功從凍結的初號機中被救出;
新劇場版的故事又會怎樣發展下去呢?第三次衝擊能夠被阻止嗎?孩子們的命運又會如何?
在此呈現,「空白的十四年」的另一種可能性。
「對不起,真嗣君,這次,一定會讓你幸福。」