住在裡面的分別是冠軍級的太陽岩和他的族人、冠軍級的月石和他的族人及冠軍級的托戈德瑪爾和他的族人在這裡守護。
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如果遇上陰天及晚上，太陽岩和月石就會帶領族人出來使用閃光給太陽能板充能，若是遇上雨天，他們就會讓一部分族人使用神秘守護阻隔雨水，另一部分人使用閃光，若是遇上寶可夢或外人來襲，三族則全體出動抗擊敵人，若是遇上雷雨天，托戈德瑪爾一族則會出來吸收雷電好讓太陽岩和月石可以安心作業。
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三個寶可夢巢穴皆有管道通往一樓調製寶可夢食品及照顧寶可夢的工作坊及治療室，由於這些寶可夢與米可秀一相處得非常好，秀一便在這些巢穴裡安裝了供給飲水、食物、治療和清潔的大型方塊按鈕。
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當按鈕被觸動時，這些房間的顯示屏幕上便會顯示出來，人們看見顯示後便可以做出相對應的措施，水和食物可由與之相對應通道輸送上去，而空的食物及水盛裝容器也能藉由通道回收，治療則是由平台通過通道送進治療室，恢復健康後再通過平台送回去。
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清潔部分則是使用沙浴方式，觸動按鈕後巢穴出口會被暫時封閉，巢穴地面也會變成網格狀，而隱藏在巢穴中的噴頭便會噴出細沙粒讓他們清洗，清洗過後的沙粒便會通過管道回收再做處理，回收沙粒之後地面會恢復原狀，接著升降平台便會啟動將他們送至治療室進行健康檢查，段時間巢穴中的自檢功能便會開啟，若有需修補的地方便會透過感應系統顯示在工作坊的屏幕上通知人前來修理。
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若無則進入下個階段，這時巢穴地板會再次變成網格狀，隱藏在巢穴裡的專門噴水的噴管便會噴出水和消毒劑來進行清潔，清潔之後的水會經由專門的通道進行回收處理，接著巢穴出口便會再次開啟，出口的地面上會升起一架熱風發聲裝置，進行巢穴的烘乾和換氣，接著巢穴的自檢功能便會再次開啟，確認無任何問題後，熱風裝置便會收回地面，而寶可夢們便會通過升降平台回到巢穴。
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“沒想到我這個培育師老爸竟然這麼厲害，竟然造出如此驚人的建築。”
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莉亞感嘆道
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“宿主，您還有地下室和培育園區沒有觀看，繼續看下去您一定會更加驚嘆他所做的一切。”
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系統接著說道
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莉亞沒有回應系統，只是將目光轉向3d透視圖中地下的層的地方。
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地下一層的格局和地上的第一層、第二層及第三層完全不一樣，不只是少了窗戶和露臺，房間也變少便大了，全部都是實驗室，第一條連通走廊上的四個大房間分別是食物冷凍庫、食物儲藏庫、零件儲藏庫和食用油儲藏庫，三間大廚房所在的位置變成樹果儲藏庫、植物肥料儲藏庫和寢具儲藏庫。
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地下二層的格局更是特別，除了7個大房間外，竟有一座中型發電廠、一座汙水處理淨化場、一座地下水庫和一座垃圾處理焚化電廠。
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中型發電廠裡裡面也有三座獨立的寶可夢巢穴，住在裡面的分別是冠軍級的自爆磁怪和他的族人、冠軍級的頑皮雷彈和他的族人及冠軍級的泥巴魚和他的族人。
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他們平時的任務便是供電給發電廠及守護地下二層不被外人入侵，巢穴的功能也和頂層的功能一樣，可以給予他們食物、水、治療和清潔。
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汙水處理廠裡面也有三座獨立的寶可夢巢穴，住在裡面的分別是神獸級的拉蒂歐斯與拉蒂亞斯和他們的族人、神獸級的美納斯與他的族人及神獸級水君與他的族人。
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他們平時的任務便是淨化汙水和守護處理廠不被破壞，巢穴的功能也與其他的不一樣，除了提供食物、治療和巢穴的清潔相同之外，他們的清潔則是利用治療室特製的水池進行水流SPA和人工穴道按摩，飲食除了寶可夢食物之外也有提供高級的能量方塊讓他們食用。
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地下水庫裡面也有三座獨立的寶可夢巢穴，住在裡面的分別是神獸級的蓋歐卡與他的族人、神獸級的瑪納菲與他的族人與神獸級的呆呆王與他的族人。
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他們平時的任務便是使用招式處理水源和守護水庫不被破壞，巢穴的功能也與其他的不一樣，除了提供食物、治療和巢穴的清潔相同之外，他們的清潔則是和其他神獸級水系寶可夢一樣，利用治療室特製的水池進行水流SPA和人工穴道按摩，飲食除了寶可夢食物之外也有提供高級的能量方塊讓他們食用。
“系統，蓋歐卡和瑪納菲是生活在海中的寶可夢吧？住在這裡真的沒關係嗎？”
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莉亞問道
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“宿主請放心，你父親米可秀一所研製給他們吃的能量方塊中含有從大海中提取的充沛水系能量，不僅能讓他們適應淡水的環境也能讓他們活得更健康，力量也更強，壽命更是得到了延長，那隻蓋歐卡首領的年齡經系統測定竟以超過普通野外蓋歐卡平均年齡的10倍了。”
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系統回道
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“蓋歐卡一般可以活到800多歲，那這隻在水庫裡的蓋歐卡不就是8000多歲了！？”
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莉亞驚訝道
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“是的，宿主，這隻蓋歐卡不僅8000多歲，而且細胞活性也很好，各項身體素質指標皆非常優秀，十分的健康，如果繼續保持這樣成長的話應該可以活超過100000歲還能像是年輕的蓋歐卡一樣活動。”
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系統回道
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莉亞沒有回應，繼續查看圖中地下二層的設施
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垃圾處理焚化火力電廠是莉亞的父親米可秀一根據垃圾焚化廠、沼氣發電廠和火力發電廠融合而建造的，是利用燃燒垃圾累積的沼氣和焚化垃圾時的熱量加熱鍋爐中的水，水轉為水蒸氣轉動第一座渦輪發動機的葉片發電，而推動葉片的水蒸氣則通過上方的管線冷卻回收進一個水槽中，水槽達到滿水位時便會開啟水閘門放水，水透過管路藉由高低差的動能帶動第二座渦輪發動機的葉片發電，而水在通過渦輪扇葉後便由管道流回鍋爐中加熱。
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在垃圾處理焚化火力電廠裡面有五座獨立的寶可夢巢穴，住在裡面的分別是冠軍級的阿羅拉臭臭泥和他的族人、冠軍級的伽勒爾雙彈瓦斯和他的族人、冠軍級的灰塵山和他的族人及冠軍級的焚焰蚣和他的族人。
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他們分別負責著不同的工作，阿羅拉臭臭泥負責吃掉垃圾和爐渣產生沼氣，伽勒爾雙彈瓦斯負責收集沼氣並將其輸送進火爐中，並利用化學氣體特性維持空氣清淨，灰塵山則是將阿羅拉臭臭泥無法吞食的大型垃圾集中壓縮成燃料方塊扔進爐火中燃燒，焚焰蚣則是為爐火提供高溫火焰及焚燒垃圾。
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而他們巢穴的功能也與別的巢穴不同，除了提供食物、治療和巢穴清潔一樣之外，他們是每天工作結束後都需要進行健康檢查和餵食特殊的能量方塊消除體內過多的垃圾毒素及使用特殊的藥水SPA消除疲勞並強化體格，以確保他們的健康不會因為工作而受影響。
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地下二層靠近中央電梯的四個大房間，分別是飼育屋日誌檔案室、米可優一的圖紙檔案收納室、寶可夢食物護理書籍檔案室及後備系統操控室。三間大廚房所在的位置變成汽車修理停放室、機械維修零件儲藏庫及潛水艇停放格納庫
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這個潛水艇停放格納庫規模十分龐大，一共有120艘小型個人潛艇，在潛水艇停放處的下面還有一個規模更巨大的水下城市停放格納庫，裡面停放了18艘巨型潛水城市。
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“系統，這個水下城市室怎麼一回事，怎麼看都是瑪納菲居住的海之神殿翻版啊？”
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莉亞疑惑道
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“宿主，這18艘巨型潛水城市並非海之神殿的翻版，而是你的父親米可秀一獲得創世神阿爾宙斯以及滄海王子瑪納菲的認可，兩位被人稱之為神的寶可夢共同創造出來的，每座潛水城市皆含有阿爾宙斯的神威及一塊阿爾宙斯本源石板的力量，當飼育屋遭到攻擊時，所有在飼育屋的寶可夢便藉由阿爾宙斯的力量會被傳送到與其第一屬性相同的潛水城市中，而屬於飼育屋之人便會被傳送至個人潛艇上，接著所有的潛艇及潛水城市都會進行空間跳躍轉移至已被滄海王子瑪納菲神力標記之海底深處進行避難，之後潛水都市會收納人們乘坐之潛水艇，並再次進行空間跳躍來移動，每一艘巨型潛水城市皆由一隻神獸級的瑪納菲操控，沒有瑪納菲的意志允許是不會被發現且接近時會被抹去記憶並進行短距離傳送出瑪納菲感知範圍，若入侵者進入則會被阿爾宙斯的神威和本源石板的力量直接抹殺，並消去與之相關的一切記憶及各種紀錄。”
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系統說明道
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“哇！這也太猛了！看來這就是父親的底牌之一。”
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莉亞感嘆道
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