第一部 軍人與科學家

在大日本帝國蒸氣、鋼鐵交織與克蘇魯信仰併存的時代，帝國軍官鷹司榮介推動義體技術改革，聲稱為傷兵重獲尊嚴，實則暗藏打造義體軍隊的野心，並創立齒輪聯合會。技師北條正彥因信念而參與，然而他發現他正步向軍國主義的深淵...

第二部 偵探與助手

多年後，一件少女的離奇失蹤案，最後一封信寫滿無法辨識的符號，落魄偵探神崎慎一郎與強勢助手新見鈴子追查下，發現線索竟牽連多年前轟動一時，現已銷聲匿跡的齒輪聯合會，並且發現進行中的驚天陰謀。當謎團如齒輪般層層咬合，一場跨越科學、信仰與人性的暗流，正悄然再度啟動。