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幼年時就在實驗機關裝了腦內晶片的主角「甲」和青梅竹馬「小哀」，在離開設施後的第一次約會中，被捲入突如其來的病毒事件。
在事件中甲得知此事件與兩年前逃離設施時的病毒事件相同，是由自稱「教團」的團體所散布。
小哀引導甲使用腦內晶片的機能潛入網路，破壞病毒解決事件以後，兩人從逃生通道離開時，小哀發生了意外，一路背負著小哀的甲，在明白了自己對小哀的感情後，最終在醫院的門口癱倒。醒來後只得到小哀已經不在了的訊息。
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失去了小哀的甲化身為復仇之鬼，不斷潛入網路中尋找關於教團成員的訊息。151Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡx9g2U1x9md
在他面前出現的是自稱教團成員之一的神祕少女，並且預言了之後的事件中，甲將會有最後一次見到小哀的機會。
之後果然如少女所說，就如先前的病毒事件一般，教團進行了對天候控制系統的侵入並且計畫淹沒市區。甲再一次侵入網路後，破壞病毒修復了系統。
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解決事件以後，神祕少女再次出現在甲面前，詢問他是否要藉由病毒侵入的路線反侵入兩年前第一個被病毒侵入的伺服器「帝龍」的體內。
並宣稱這是唯一能見到現在的小哀的手段。
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在神祕少女的引路下甲終於見到了小哀。151Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡcVUvU2kqzG
並且由伺服器中的紀錄得知過去事件的全貌，在兩年前帝龍遭受病毒侵入時，也同時靠帝龍的網絡攻擊了全世界的電子設備，包括兩人的腦內晶片。
當時為了從病毒攻擊中救出甲，小哀就潛入了帝龍的內部中斷它的運行，然而卻失去了登出的機會，就此失去與身體的連接。
現在的小哀只能由帝龍的體內傳送訊息，或者遠端操控外部的設備，可說是幽靈一般的存在。
聽聞一切的甲決心將小哀從帝龍的體內帶出。
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破壞了無數來阻礙兩人的教團成員以後，誤將兩人當作病毒的帝龍作出了對病毒的攻擊行動。151Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡioYVwRUXcg
遭到人類的腦部無法承受的資訊流破壞之後，甲失去了部分意識。小哀賭上自己的存在重新連結上帝龍的系統，將甲登出的機能修復後成功地讓他一個人離開。
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而在這之後，甲則必須一個人獨自面對最後的結局。151Please respect copyright.ＰＥＮＡＮＡqGZo0ncb14
