在很久很久以前，遠在地球誕生之前，就有個人形種族存在於世上。因為他們特殊的基因，他們能夠從遠端入侵、操制電子儀器，以及對某種能夠操縱精神的精神生命體免疫。因此大多數外星種族都不敢與之抗衡，因為只要是通電的電子儀器，他們就能夠入侵並加以操縱。
所以這種族曾經稱霸宇宙，直到一個神秘生命體的誕生。
沒有人知道牠的起源，只知道牠跟野獸一樣忠於本能的不斷破壞眼前星體，管它是否有生命存在。只要牠感到飢餓，牠就毫不猶豫的把眼前看見的星體破壞，然後把它摧毀後飄散於宇宙中的星塵全盤吸收。
因為牠的存在，全宇宙生命都為之惶恐不安但不敢與牠正面對抗，直到那個種族出手。
他們建造了無數機動兵器，就為了驅趕、消滅牠。但他們低估了怪物的實力，牠能夠操縱重力，在宇宙中撕裂一個蟲洞出來或者防禦一切攻擊。
鑑於牠算是生物，那個種族認為只要把牠困住就能夠讓牠因飢餓疲倦而投降。但事實是，以星塵為食的牠，週期比任何生命都更長，想打消耗戰根本是天方夜譚。由此這個種族逐漸敗退，最後更被牠毀滅了母星。
因此他們開始沒落，直到最後一個倖存者。他用盡一生在一個尚未發現任何生命存在的星系建造了一個能夠自我學習、自行回復能量，及產生天然資源的機械行星。並以自己的基因為樣本稍作微調後，創造出跟自己相似的種族；及留下巨人機動兵器守護行星後就撒手塵寰了。
然而沒有人知道，這個最後倖存者在完成這個星球時遇上前來算帳的怪物，並成為好友。這個星球就是現今的Plantia，而怪物就是遇上艾莉莎之前幾十億年前的艾莉絲。
「我已經設定好程式，這裡不會把你當作敵人。如果你希望的話，可以留在這裡把這裡當作家居住也可。」那位早已遺忘名字的友人在跟她一起四處旅行之前為她介紹各種巨人型機動兵器—巨神兵。
不過當時的艾莉絲並沒有家的概念，因此在那名友人離世後，她就離開了。一直四處流浪，見證著各個種族的大小事，當中亦因為她的入世未深，被其他不懷好意的種族誘騙協助武器的開發，最終惹來無數戰亂。最後她還是想要回到那個曾經有著一個會真心對待她的人的地方去，只可惜她連地圖、定位等等概念都沒有，這幾十億年都沒有人教她什麼。直到某個不知道她的存在的白痴向她伸出友誼之手。
因為那位白痴身上有著極度微弱但異常熟悉的氣息，再加上她那句「一起生活吧！」艾莉絲再次跟其他生命相處。
對於零生活常識，且幾乎毋須吃飯的她，那個人一邊大罵「蠢材」、「傻瓜」，一邊手把手教學。
不過她知道眼前人將於不久就會逝去，因此為了讓她能與自己一起，她擅自把那人的設計圖交給當地政府，試圖以此換取他們的援助。結果因此二人吵架，甚至因為這樣打算離開對方，只是沒想到那次是他們最後一次見面……
「我……回來了……」艾莉絲靠近眼前的巨神兵，就似向大人撒嬌的孩子般擁抱著巨神兵。看見這情況的拉普拉斯完全拿不定主意，不知該不該攻擊好。萬一牠跟三千年前掐爛地球的怪物一樣，對人類有害呢？但這危險怪物偏偏被眼前一個極度麻煩的男人所保護，那個疼愛妹妹到溺愛程度的男人在多年前一人破壞了近一百臺女武神，害它損失了大量資源。
「艾莉絲，你知道這大塊頭是什麼嗎？」
「它是朋友造出來的。」
「朋友……」雷克斯思考後突然發現端倪般問：「等一下，這裡起碼幾十億年前就存在了！假如這大塊頭跟Anima一樣是這裡產生的話，那麼你……你到底實際年齡是幾多啊？」
「忘記了。大概很久以前就存在。」
「很久以前即是多久啊？」雷克斯吐糟道，艾莉絲想了想就回答：「沒有印象，因為當時我連時間的概念都沒有。不過可以肯定這裡差不多造好時我就來過。」
聽到這回答，雷克斯不禁在心中罵：“幹！艾莉莎那傢伙怎麼會跟一個歲數高達幾十億的東西當朋友？”
這時候，拉普拉斯終於忍不住要插話：「雷克斯．艾力克斯，從剛才起你就在自言自語，難道你明白那傢伙傳出來的電波訊號嗎？」
「吓？但我明明清楚的『聽到』她說的話啊！」雷克斯說完才察覺既然拉普拉斯的收音器無法收到艾莉絲的聲音，難道真的以腦電波傳遞想法？果然是骨骼精奇！
這時候，巨神兵向一人一龍一人工智能進行全息投影，上面顯示著外星文字，似乎在向他們傳達訊息。
「這些……看來似愛麗絲平日用的原居民文字，但又有不同。」雷克斯咕噥道。似乎知道眼前人的難處，巨神兵把外星文字翻譯成地球最廣泛使用的文字—英文。
從文字的內容得知，這是這星球的創造者留給艾莉絲的留言，主要是希望她能夠把這裡當作家。而且萬一遇上困難，艾莉絲都可以找上沉睡於海底下的巨神兵。而在那段文字中，雷克斯得知在很久以前艾莉絲就被稱作終焉使者。
一知道遇上困難，這裡出產的機動兵器會幫助自己；艾莉絲希望巨神兵能夠向雙子星及Shang-ri La的居民證明自己的清白。
「哼，真聰明嘛！」艾莉莎略為嘲諷地說道。
巨神兵似乎跟拉普拉斯一樣，無法傳譯由化身龍形的艾莉絲所發出的腦電波。因此雷克斯代為轉達，然後它就跟艾莉絲前往Shang-ri La。
不過這真的可行嗎？看見光是露出水面的部分就足以遮擋月光的巨神兵，人們可以不懼怕嗎？
回到Shang-ri La，衛士及飛行機甲已經跟翼騎士開打。它跟一般Anima不同，它能夠利用覆蓋於Plantia大氣中的網絡進行移動，這是二十年前人們稱之為「帶翼幽靈」的原因。
不過就算擁有在星球大氣層內穿越空間的能力，都難以敵過人數數以百計的敵人。但就在翼騎士開始疲憊時，衛士及飛行機甲停止攻擊，因為某件龐然大物正往Shang-ri La前進。
「我敢賭人們見到這大塊頭一定會進行攻擊！」艾莉莎表達意見，雷克斯就反問：「那不如你跟艾莉絲說吧？」
「不要～這傢伙失憶後變得天真了，之前面對其他人都露出戒備的樣子。她大概仍未想起，以前如何被其他種族看待。」
「那我去提她。」雷克斯正想要提醒艾莉絲時，艾莉莎又阻止：「不過這算是好事，起碼……她願意重新相信其他種族，相信當中會有人對自己釋出善意。」
結果巨神兵才進入Shang-ri La的視線範圍就遭受攻擊。巨神兵受到攻擊最自然的反應當然是反擊，因此它啟用電磁干擾，使非Plantia出產、用電力驅動的物體都停止運作。
「停手！那樣在醫療部的病人都會出事！」艾莉絲當著所有機動兵器的面，用重力把巨神兵翻到海中，試圖停止它的自衛行徑。期間，因為巨神兵的腿部碰到島而使之發害如同地震般的震動。
「唉！果然一慌就會搞砸整件事這一點，不論是否失憶都未曾改變！」
「等一下！既然那大塊頭用電磁兵器，那麼你……」
「啊啊，雖然是防電磁設計，但因為右手未修好導…致…電……線……外……露……的……關……係……」就這樣，艾莉莎失去訊號，讓雷克斯擔心不已。
「不！」雷克斯顧不得要照顧艾莉絲，衝去察看零式的狀況。
見自己越搞越大條的艾莉絲則頭痛該如何收科，這下可能間接造成人命傷亡，但這一切並非她本意。她只是急於證明自己是清白，卻沒想到越搞越糟。
「艾莉莎說得對……我對人類，以及其他種族所知甚少。我不理解他們，由始至終都在添亂……」艾莉絲越說就越退縮，覺得自己傷害了這裡的居民。然後她消失了，似乎想要靜一靜。
巨神兵見艾莉絲消失了，就回到海底中。而拉普拉斯則因為跟Shang-ri La之間的協定，沒有跟巨神兵前往島嶼就直接打道回府了。
然後兩兄妹理所當然的受到責罰，因為他們協助這個被認定會為當地居民帶來危險的怪物逃跑，並帶回造成人命傷亡的巨人。因此，二人連辯解的機會也沒有，就直接被視為叛徒放逐了。
所以二人到了莎蓮娜那裡居住，並解釋整件事的經過。
「所以，艾莉莎現在消失了，對不對？」雖然莎蓮娜臉上沒有任何表情，但在場人士都感受到她的怒火及殺氣正慢慢的蔓延至整個房間的每個角落。
「對……而且艾莉絲失了蹤，因為跟那大塊頭溝通出現問題……」或者是感受到莎蓮娜的殺氣，雷克斯不自覺的開始顫抖。
「所以到最後誰也照顧不了，還害艾莉莎消失？」莎蓮娜開始爆發，其釋出的怒氣讓愛麗絲害怕，甚至躲在雷克斯身後。
「假如最初就把那裝置交給Guardian，讓他們聽聽艾莉莎的說法不就好吧？那樣他們都相信艾莉絲，看看你現在幹了……」
「大叔他們都知道！但在他們眼中，居民權益比一切都更重要，即使讓他們知道艾莉絲的事又如何？你覺得他們會把她看作人嗎？」雷克斯打岔反駁，莎蓮娜都沒有什麼好說的，就繼續埋頭工作，管理Aether分店的行政事務。雷克斯則以不想再吵架為由出外逛，而愛麗絲選擇先回到位於原居民聚居地—Paradise的家，之後再作打算。
在Plantia中心區域，那裡不是地核，而是核心及中央控制室。艾莉絲就在這裡，因為這是她記得最清楚、有關那人的地方。這裡亦是她跟他相遇的地方。
她坐在牆邊，看著全然黑屏的裝置，不斷嘗試呼喚零式的人工智能，但不成功。
「不要不管我啊……失去艾莉莎後，就你一直陪伴我啊…」艾莉絲現在才意識到那個平日愛生事的人工智能對自己的重要性，但她不知道讓自己一直後悔的人一直裝作人工智能在身邊，因為她相信艾莉莎當時的胡扯瞎掰。
就在艾莉絲差點哭時，裝置屏幕起了反應，她連忙抬頭，只見「程式初始化」這字眼，她就知道零式還未真的死透。
然而，在初始化完畢後，又再度讓她陷入痛苦的邊緣。
「你好，請問你名字？」
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