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库洛牌篇：
故事發生在日本虛構城市「友枝町」。木之本櫻某天將父親的古書籍打開，意外把封印在書中的卡牌釋出。它們是由魔法師庫洛·里德創造的稱之為「庫洛牌」的魔法卡牌，每張卡牌都有不同的能力和自我意識，卡牌的隨意行動能夠對世界造成災難。為了防止災難發生，櫻受封印書之守護者「可魯貝洛斯」的委託下，將四散的卡牌回收至書中。卡牌在成功回收後，櫻也能將卡牌的能力解放給自身使用，以方便回收下一張卡牌。
回收卡牌不久後，來了一位轉校生，他是庫洛·里德的母親家族「李家」的後人——李小狼。李小狼在得知庫洛牌的封印解除後，便來到日本打算回收卡牌。起初李小狼認為木之本櫻無法勝任卡牌回收，故常和木之本櫻爭奪卡牌回收，但最後認同木之本櫻回收卡牌的能力。在所有卡牌回收並寫上名字後，封印書之另一守護者「月」便會進行審判，判斷持有卡牌之人是否能成為卡牌的新主人。木之本櫻在審判中改變原有的封印杖，創造出星封印杖，最終通過了審判者月的審判。
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小樱牌篇：
在通過審判後的第二學期，班中轉入一位從英國來的留學生——柊澤艾利歐。與此同時，木之本櫻所持有的庫洛封印書變成為櫻封印書，以及木之本櫻受到不明的攻擊。在應對攻擊時，卻發現審判過程中轉變而成的星封印杖與庫洛牌無法使用，而令木之本櫻、守護者與大道寺知世遭遇危險，最後木之本櫻使用新魔法陣並將庫洛牌轉變成小櫻牌，解決當前危險。
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透明牌篇：
故事描述女主角木之本櫻與男主角李小狼和其他同學從小學畢業後升上初中的故事。
小櫻一次作夢時，夢到53張小櫻牌上面的圖案都消失了，一名神祕人物出現之後，小櫻聽到玻璃碎掉的聲音。小櫻從這個夢醒來後，翻開封印之書，發現小櫻牌都變成透明的了！在與大道寺知世、小狼和艾利歐的討論下，小櫻重新踏上了收集透明牌的故事。
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