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《TSUBASA翼》的故事中，首個世界是沙漠城市──玖樓國。少年小狼多年前，跟隨養父考古家藤隆來到這國家，希望發掘該國的翼形遺跡，以解開玖樓國的歷史之謎。小狼因此認識了玖樓國中的各人，包括與他青梅竹馬的小櫻公主。二人一直互相心儀，但小狼礙於身分問題，一直不敢表白。藤隆辭世後，小狼繼承父親遺志，繼續挖掘和研究工作。可是，在一次小櫻及其兄長桃矢國王的探訪中，遺跡突然發生異動，小櫻的記憶化作了羽毛，飛散消失。神官雪兔一面照顧受了傷的國王桃矢，一面告訴小狼：小櫻的記憶羽毛已經飛散到不同的次元世界裏，若要救回小櫻，必須收集回小櫻的羽毛。
於是，雪兔便把小狼送到「次元魔女」壹原侑子那裏，要他向侑子詢問救回小櫻的辦法。同一時間，要躲避阿修羅王的色雷斯國魔法師法伊，及被知世公主驅出日本國的武士黑鋼，都來到侑子那裏，希望得到穿越各次元的方法，以繼續逃避或回到故地。
侑子遂把能帶他們穿越不同次元的摩可拿取出，但條件是要用他們最珍貴的東西，作「等價交換」。法伊為繼續逃避阿修羅王，他交出了他背後的特殊紋身；黑綱為返回日本國，以他那柄特殊的刀──「銀龍」作為代價；為了救回小櫻，小狼犧牲了他跟小櫻的「關係性」──即使找回小櫻的所有羽毛，小櫻也不會記得往日與小狼一起的時光。
就是這樣，小狼帶著小櫻公主，與黑鋼、法伊一起，踏上穿梭各個次元的旅程，為了取回小櫻的羽毛而戰鬥。
《TSUBASA翼》的故事中，採用了大量CLAMP過去作品中的人物。在不同的世界裏，人物有著不同的生活，不過他們的「根源」（可視為本性、靈魂之類）是相同的，在《CLAMP奇跡》一書中則稱這種叫做「明星制度」。
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