很多人也知道，三鷹博物館內是不准拍攝的，但又沒有多少人將內部有什麼看寫出來，故在此為大家略作介紹並附圖詳解。
三鷹博物館樓高三層，入場時工作人員會給你一張地圖，一將以宮崎駿作品菲林製成的電影院戲票。
博物館首兩層是展館，主要介紹動畫卡通的製作過程，當中亦用了很多不同的方法及道具，讓參觀者明白原來這樣這樣做，就有這樣這樣的視覺效果，當然所有道具都以龍貓為主。
在一樓值得介紹的是它的戲院及廁所。戲院播放的卡通都是在外面的戲院看不到，是宮崎駿博物館的獨家。戲院每隔20分鐘便讓觀眾進場，每位遊客只可憑票觀看一次。此外，一樓的兩個廁所，內裡擺設都是經過精心設計，所以大家得閒的話，也不妨入廁所洗洗手。
至於二樓，最特別是那個疑似宮崎駿的工作室，那裡放滿了宮崎駿的手稿，以及一大埋顏色。工作室的隔鄰有間房，房內放了很多非宮崎峻固有畫風的中世紀油畫，參觀者若不細心，就會遺漏了在油畫與油畫間，其實有一些小方格，小方格內放置著宮崎駿動畫世界的「實物蚊型版」。
博物館的三樓是商品店及貓巴士遊樂場。商品店賣的都是動畫的周邊商品。反而，在貓巴士遊樂場內，就有一隻如一架14座小巴般大小的毛毛貓巴士供小朋友耍玩。至於小學六年級或以上的客人，則只可以站在一旁觀賞。
說到經常在網上相簿遊記可看到的那架天空之城大鐵人，則放於天台上。由於在網上也可以很輕易找到這樣的一張照片，所以也煩不著排隊跟人爭影這架大鐵人。
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